Francesco nasce ad Assisi nell'inverno del 1182 da Pietro di Bernardone e Madonna Pica, una delle famiglie più agiate della città. Il padre commerciava in spezie e stoffe. La nascita di Francesco lo coglie lontano da Assisi, mentre era in Provenza, occupato nella sua professione. La madre scelse il nome di Giovanni, nome che fu subito cambiato in Francesco quando tornò il padre. La fanciullezza trascorse serenamente in famiglia e Francesco potè studiare il latino, il volgare, il provenzale e la musica; le sue note insieme alle sue poesie, furono sempre apprezzate nelle feste della città. Il padre desiderava avviarlo al più presto all'attività del commercio.
Un giorno era intento nel fondaco paterno a riassettare la merce quando alla porta si presentò un mendicante che chiedeva elemosina in nome di Dio. Dapprima Francesco lo scacciò in malo modo, ma poi pentitosi lo seguì e raggiuntolo vi si intrattenne, scusandosi ed elargendogli dei denari.
All'età di vent'anni partecipò alla guerra tra Assisi e Perugia, e fu fatto prigioniero.
La prigionia e gli stenti plasmarono l'animo del giovane e più il corpo si indeboliva, più cominciava a subentrare in lui il senso della carità e del bene verso gli altri.
Tornò a casa gravemente malato e solo le amorevoli cure della madre ed il tempo lo ristabilirono, ma la vita spensierata, che nel frattempo aveva riassunto, gli sembrò vuota. Spinto da idee battagliere decise di seguire un condottiero nel sud Italia, ma giunto a Spoleto, ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare indietro, fu questo l'inizio di una graduale conversione. Durante una breve permanenza a Roma si spogliò dei suoi abiti e dei denari, più tardi in Assisi davanti ad un lebbroso non fuggì come facevano tutti, ma gli si avvicinò e lo baciò. Gli amici lo schernivano e deridevano, il padre manifestava apertamente la sua delusione, solo la madre lo confortava.
Francesco scelse il silenzio e la meditazione tra le campagne e le colline di Assisi, facendo spesso tappa nella Chiesetta di San Damiano nei pressi della città, e il crocifisso che era nella cappellina gli parlò: "Va, ripara la mia casa che cade in rovina". Francesco vendette allora le stoffe della bottega paterna e portò i denari al sacerdote di San Damiano, ma l'ira di Pietro di Bernardone costrinse Francesco a nascondersi. La diatriba col padre fu risolta solo con l'intervento del Vescovo di Assisi, davanti al quale Francesco rinuncia a tutti i beni paterni.
Cominciò un periodo di spostamenti: di quel periodo è l'episodio del lupo di Gubbio, un animale che incuteva terrore e morte ammansito dalle parole del santo. Le gesta di Francesco non passarono inosservate e dopo qualche tempo, si affiancarono i primi seguaci: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani, poco dopo Egidio e Filippo Longo. Le prime esperienze con i compagni si ebbero nella piana di Assisi, nel Tugurio di Rivotorto e alla Porziuncola, tutti i compagni vestivano come Francesco di un saio e di stracci.
La data ufficiale della nascita dell'Ordine dei Frati Minori è il 1210 quando Francesco ed i compagni vengono ricevuti dal papa Innocenzo III che verbalmente approva la Regola. Il Papa, in sogno, ebbe la visione della Basilica Lateranense in rovina ed un uomo che la sorreggeva per evitarne la distruzione, quell'uomo era Francesco. Iniziano i contatti con Chiara d'Assisi e nasce così l'Ordine delle Povere Dame di San Damiano, chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara.
Nel 1213 Francesco riceve dal Conte Orlando di Chiusi il Monte della Verna. Inizia la sua predicazione a più lungo raggio che lo spinge a recarsi in Marocco, ma una malattia lo ferma in Spagna. Nel 1216 ottiene da Onorio III l'indulgenza della Porziuncola, Il Perdono di Assisi, la più importante della cristianità dopo quella di Terra Santa.
Nel 1219 Francesco parte per Acri e Damietta al seguito della crociata e giunge in Egitto alla corte del sultano Melek el-Kamel, per poi raggiungere la Palestina. Nel frattempo l'Ordine ha i suoi primi martiri, uccisi in Marocco.
Nel 1220 Francesco torna ad Assisi dove i suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità hanno fatto presa su molti, inizia così un nuovo ciclo di predicazioni in tutta Italia. A Fontecolombo, nei pressi di Rieti, redige una nuova Regola, approvata poi da Onorio III. A Greccio, in dicembre, istituisce il Presepio, una tradizione cara alla cristianità. Nel 1224 sul Monte della Verna riceve le stimmate, il segno di Cristo e della santità. Francesco è stanco ed ammalato, il peregrinare per le predicazioni l'ha provato fuori misura, viene così curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle. Qui compone il Cantico delle Creature opera di alta religiosità e lirismo, che contiene tutti gli ideali dell'umiltà e della grandezza francescana.
Sentendo prossima la fine terrena, Francesco si fa portare alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli, dove muore al tramonto della giornata del 3 ottobre 1226.
Il 16 luglio di due anni dopo veniva dichiarato Santo dal papa Gregorio IX.